البداية والنشأة كانت عقب إنشاء كلية الآداب جامعة عين شمس في عام 1950م، وقد ضمت قسمًا للآثار، ظل قائمًا بالفعل حتى عام 1956م، وقد ترأسه المرحوم الأستاذ الدكتور/ أحمد بدوي الذي أصبح المدير الثالث لجامعة عين شمس، وهو صاحب رؤية شعار الجامعة المكتوب بالخط الهيروغليفي “بر عنخ إيونو” أي جامعة عين شمس، وشعار المسلة هو أهم أثر باقٍ من معبد إيونو القديم. وقد تخرج في ذاك القسم بعض من أثروا العمل الأثري، وقد منح درجة الدكتوراه لبعضهم، وهو القسم الذى أُعيد افتتاحه في العام الجامعي 1998-1999م، واستمر يؤدي رسالته على أكمل وجه، حيث حصل العديد من الطلاب والباحثين فيه على درجة الليسانس والدبلوم والماجستير والدكتوراه.
لذا أصبحت حاجة جامعة عين شمس إلى كلية للآثار ماسة وضرورية، لا سيما وأنها تعتبر الجامعة الوحيدة التي تقع داخل نطاق محافظة القاهرة، والتي تضم العديد من الآثار المصرية القديمة والقبطية والإسلامية في وقت واحد، وحيث إن الجامعة تضم معهد الدراسات العليا للبردي والنقوش وفنون الترميم، وهذا المعهد يعد كيانًا مهمًّا، فقد أُنشئ بقرار رئيس الجمهورية 2206 لسنة 2015، لذلك كانت الفكرة في تحويله لكلية الآثار مع رؤية كاملة لتطوير الدراسة به للحصول على البكالوريوس حتى يرقى لما يناسب واسم جامعة عين شمس وكيانها إضافة إلى انضمام قسم الآثار بكلية الآداب بشعبه الثلاثة، وهي شعبة الآثار المصرية القديمة، وشعبة الآثار اليونانية والرومانية وشعبة الآثار الإسلامية، والتي تمثل ثلاثة أقسام متكاملة لكلية الآثار.
وتم إعداد مشروع متكامل لإنشاء كلية الآثار، وتمت الموافقة عليه من قبل المجلس الأعلى للجامعات، ثم الحصول على موافقة مجلس الوزراء وصدور القرار رقم 1969 لسنة 2020 بإنشاء كلية الآثار جامعة عين شمس لتحل محل معهد الدراسات العليا للبردى والنقوش وفنون الترميم.