تتميز كلية الآثار عن مثيلاتها من كليات الآثار على مستوى الجمهورية بإنشاء أقسام وبرامج جديدة، وتطوير الأقسام والبرامج التي كانت قائمة بالفعل بما يلبي احتياج سوق العمل ويحسن من مستوى خريج الآثار، كما يلي:
* إنشاء قسم “علوم الآثار والحفائر” كبرنامج دراسي جديد يدرس لأول مرة في مصر والمنطقة العربية، ليلبي احتياج مصر والمنطقة العربية في هذا التخصص، الذي ظهرت أهميته باحتياج خريج يعمل بمجال التنقيب والحفر الأثري مسلح بمهارات خاصة للحفاظ على المكتشفات الأثرية.
* إنشاء قسم “إدارة المتاحف المواقع الأثرية” كبرنامج دراسي جديد يدرس لأول مرة في مصر والمنطقة العربية، ليلبي احتياج مصر والمنطقة العربية في هذا التخصص، الذي ظهرت أهميته واهتمام المنظمات الدولية للحفاظ على التراث وخاصة منظمة اليونسكو.
* ستكون الكلية المصرية الأولى التي تتحول من برامج علوم الآثار التقليدية بالجامعات المصرية إلى الآثار والدراسات التراثية من أجل فتح أسواق جديدة للخريجين محليًّا وإقليميًّا.
* تتبنى كلية الآثار اللائحة المطورة لبرامج الآثار، والتي أقرها قطاع الآثار بالمجلس الأعلى للجامعات، لتكون الكلية الأولى على مستوى الجمهورية التي تقوم بتطبيقها.
* تطوير برامج المتاحف وإدارتها، والتنقيب والحفائر كعلوم مساعدة محددة لعمل خريجي أقسام الآثار التقليدية بما يتفق واحتياج سوق العمل والمعايير الدولية.
بالإضافة إلى تطوير برامج الماجستير القائمة بالفعل وهي:
* برامج الدراسات البردية والنقوش (برنامج متميز)، وكانت قائمة وتم تطويرها وتشمل:
* الدراسات البردية والنقوش المصرية القديمة
* الدراسات البردية والنقوش اليونانية واللاتينية
* الدراسات البردية والنقوش العربية
* الدراسات البردية والنقوش الآرامية
ماجستير ترميم وصيانة الآثار (برنامج متميز)، وكان قائمًا وتم تطويره ويشمل:
* ترميم وصيانة الآثار العضوية
* ترميم وصيانة الآثار غير العضوية
* ترميم وصيانة المباني الأثرية